11個職能部門：

黨委辦公室、行政辦公室、財務資產科、經營管理科、安全生產科、總工辦、保衛科、工會、紀檢監察科、后勤管理中心、退休管理科

15個生產部門：

地質與地球物理研究所、物探一處、物探二處、測繪一處、測繪二處、土地資源中心、地質環境中心、地理信息中心、航測遙感中心、新能源技術中心、工程物探處、地質災害防治中心、空間信息中心、城市地質調查與管網探測中心、航空攝影中心

3個院屬企業：

山西煤田地質工程勘察院、山西金地源科技有限公司、山西省地質司法鑒定中心